Leistungen Strukturbasierte Bioinformatik

Die Gruppe von Prof. Gohlke hat mehrere Algorithmen und Software auf der Basis von Computational Biophysics und Data Sciences zur Modellierung und Simulation von Biomolekülen und deren Wechselwirkungen veröffentlicht. Darüber hinaus werden neuartige, auf maschinellem Lernen basierende Methoden zur Vorhersage von Proteinstrukturen und -eigenschaften entwickelt.

Constraint Network Analysis (CNA)

Ein Softwarepaket zur effizienten Verknüpfung von biomakromolekularer Struktur, Flexibilität, Stabilität und Funktion

RCNMA/NMSim

Ein auf Normalmodus basierender geometrischer Simulationsansatz zur Erforschung biologisch relevanter Konformationsübergänge in Proteinen

DrugScore

Scoring-Funktionen zur Vorhersage von Protein-Ligand-, RNA-Ligand- und Protein-Protein-Wechselwirkungen

PACKMOL-memgen

Ein verallgemeinerter Arbeitsablauf für den automatischen Aufbau von Membran-Protein-Lipid-Schichtsystemen

Free Energy Workflow (FEW)

Ein automatisierter Arbeitsablauf für die Berechnung der freien Energie von Protein-Ligand-Bindungen

Vasor

Vasor liefert Vorhersagen über die Pathogenität spezifischer Aminosäuresubstitutionen im Multidrug Resistance Protein 3

TopScore

Verwendung von tiefen neuronalen Netzen und großen unterschiedlichen Datensätzen für eine genaue Qualitätsbewertung von Proteinmodellen

TopScore

Schablonenbasierte Proteinstrukturvorhersage bei geringer Sequenzidentität mit Top-Down-Konsens und tiefen neuronalen Netzen

TopDomain

Ausführliche Metaprognose von Protein-Domänengrenzen durch Kombination von Multi-Quellen-Informationen und Deep Learning

TopProperty

Robuste Metaprognose von Transmembran- und Globular-proteineigenschaften mit Hilfe von tiefen neuronalen Netzen

TopEnzyme

Klassifizierungsrahmen zur Zuordnung von Enzymtopologien zu Enzymaufträgen und -strukturen

PocketAnalyzerPCA

Ein Programm zur Charakterisierung und Visualisierung von Taschenkonformations in Proteinstrukturen

VisualCNA

Ein PyMOL Plug-in für die interaktive Constraint Netzwerkanalyse und Protein-Engineering zur Verbesserung der Proteinsthermostabilität